随后朱载坖就召见所有的参赞军务大臣，商量此事的善后，首先由马芳、俞大猷、李成梁汇报相关情况，其实现在事态已经得到控制，事情也并不严重，但是造成的影响是很大的。
对于朝廷官员的奏疏，朱载坖并不想回复，只是说道：“畿辅近边地方武备废弛已久，近来言者皆详于外而略于内，岂万全计？朝廷训练京操，正式强内固基之举，岂可轻废，内阁晓谕群臣，勿再生事，否则朕必严惩不怠！”
现在的问题是怎么善后，因为从正德以来，大明兵变、哗变频发，到了本朝，要稍微好一些，但是这次竟然在都门之外，聚众鼓噪，虽然朱载坖宣称并非兵变，但是无论是朱载坖还是再坐的臣子们，都很清楚如果不是处理的及时，恐怕就要酿成哗变了，无论是高拱等文臣还是马芳等人，都认为严惩是必须的。
朱载坖也一样认为必须严惩，大明官军懈怠已久，士卒玩法疏忽，不守军纪，动辄以哗变、兵变威胁朝廷，这是绝对不行的，想干什么？学五代的骄兵悍将吗？虽然大明之前的兵变多是由于朝廷欠饷所导致的，但是实际上造成了以兵变促兵变的恶劣影响，兵骄难制，军纪涣散，朝廷对于军队的控制力大为下降。
更令朱载坖不能容忍的是，之前朝廷以抚为主、只究首恶的策略，使得许多参与兵变的士卒并未受到追究，反而因为兵变受到朝廷所谓抚驭，从中获取利益，因此一些老兵油子便意识到，要获利就兵变。久而久之，官军就形成以兵变 挟赏获益的风气。
高拱杀气腾腾的说道：“陛下，此案必严惩以正军法才行，夫人主鞭笞万国，天下震慑而莫敢越者，以能制其死命也。今顺者缺饷，噪者得金， 跋扈者无惩，操练者有罚，倒持太阿，岂所以震慑天下乎？譬如两手痿痹不仁，不为吾用，虽其将帅非唐藩镇之将帅，而士卒实唐藩镇之士卒也。”
这点朱载坖也是赞同的，官军中兵痞甚多，他们打仗没本事，闹事的本事可是不小，朱载坖可不会惯着他们，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后，决定是东阁大学士张四维牵头，兵部尚书汪道昆、卫尉卿赵锦、锦衣亲军都指挥使陆绎、临淮侯李庭竹、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁一道穷究此事，凡是涉事士卒、军官，全部要揪出来严惩。
还有军中的所谓老兵、悍卒，只要涉及到此事，一律严惩不贷，最终由朱载坖亲自处理此事，朱载坖下达上谕称：“夫纲纪军旅之本，朕所不敢轻忽也。尔来习以为哗，哗则奉骄止啼，养成犷悍，遇敌警则必不为我用，虽无杀伤之惨，实为跋扈之萌，朝廷之体统亦轻且亵甚矣！彼既不能守朕之法，朕之三尺剑亦不能容也！”