朱载坖于是答应了李春芳的请求，李春芳回到内阁之后，也迅速公开向朱载坖上疏，为李三才等人求情，请求朱载坖对他们从宽处理，李春芳以首辅之尊亲自求情，朱载坖当然要予以回应了。
朱载坖御批道：“卿之所奏，朕已知之，且侯另行处分！”
朱载坖终于对此事做了回应，群臣们也就安下心来，看来还是李阁老有用，一上疏朱载坖就做出了回应，可见李春芳在朱载坖心目中的地位。
而朱载坖则是在给这几位大贤臣找个好去处，要么是山清水秀，要么是风吹草低见牛羊的那种好地方，才能让他们尽展其才，同时又能够陶冶情操。
朱载坖第二天给吏部下旨，原户部主事李三才，调任哈密州同知，工部主事李化龙调任大连府金州知州，兵部主事赵世卿，调任仰光通判，户部主事赵南星，调任广东雷州同知，兵部员外郎调任贵州安顺知州。
其余涉事举子等，辜免不究，从诏狱开释，准其参加会试，朱载坖的决定虽然在很多看来是比较严苛的，但是相比于之前动辄削籍甚至是杀人，已经要好很多的，而且这次涉事的举人居然被朱载坖放过了，有心人当然知道邹元标是李春芳的小师弟，这说明什么，说明李春芳在朱载坖心中很有分量，群臣上疏朱载坖都没有反应，而李春芳上疏之后当即御批，第二天究出结果，还放过了李春芳的小师弟，可见李春芳在朱载坖心目中的地位。
处理了此案之后，朱载坖要求锦衣亲军处理邓元锡一案，陆绎将此案的卷宗呈上，朱载坖认为邓元锡心怀怨望，污蔑成祖，朕为人子孙，岂可坐视？下旨将邓元锡大辟弃市，直系子孙绞立决，所有着述一律毁禁，敢有私藏者，以谋逆论处，三族流放缅甸。
朱载坖的这个处罚不可谓不重了，朱载坖就是要用这种手段告诉群臣，他维护成祖、世宗以来的法统的决心，任何敢于试图挑战这个法统的，都将受到皇权的严厉打击，这是朱载坖的底线。
朱载坖命令陈以勤以文华殿大学士总裁其事，先拿出一个方案来，其实大家很清楚，朱载坖就是要陈以勤将有关建文帝和睿宗皇帝两位帝王的事情解决掉，这是关系到法统和帝王世系的问题，礼部左侍郎王世贞也上疏讨论此事，王世贞认为：“以内阁诸耆硕臣，考究革除年间事迹，别为一书，附之国史之末，至于其年号等，已有明旨，不必在意。”
王世贞显然是支持了朱载坖的主张，朱载坖在王世贞的奏疏上御批道：“天下自有公论，后世亦不可欺，必以取信后世也！”