马芳等人也认为这些卫所制造的军器质量低劣，根本不堪使用，同时大明的冷热兵器数量太多，过于繁杂，不利于大规模的制造，朱载坖认为，要免去卫所制造军器的只能，将卫所的这些军匠举家迁到京师来，将文思院、军器局、兵仗局等合起来，成立军器监，专门负责军器的研发和生产。
日后大明官军所用的军器等物，都是直接从朝廷调拨，这样的话，不仅加强朝廷对于官军的控制，还能够保证官军的军器质量。
对于朱载坖的这个想法，武将们当然是支持的，他们早就苦于大明粗制滥造的军器了，尤其是火器，质量良莠不齐，严重影响官军的战斗力。
但是内阁辅臣显然要考虑的更多一些，最简单的问题就是经费从何处而来，之前朝廷让各卫所制造军器，实际上就是变相向这些卫所征收实物税，现在朱载坖提出要设立军器监，由朝廷统一生产军器，固然可以保证质量，但是钱从哪里来，不管是军器的工料还是工匠的工食银，大明九边六十万官军，两京和地方三十万官军，还有水师的军器，可不是一个小数字。
朱载坖认为，要征收矿税，实行抽分之法，保障朝廷制造军器的所需，由于朝廷废除官营铁冶、令民自采炼的开放政策，现在民间的铁业非常之兴盛，尤其是广东佛山的铁业，质量上乘，行销全国，但是当年太祖的政策是每三十分取其二，显然是过于低了，朱载坖要求重新拟定矿税抽分的条例，增加朝廷的矿税收入，用于军器的生产。
同时朱载坖还拿出了海关的奏报，现在外夷求购大明铁器数量激增，除传统的丝绸、瓷器、茶叶之外，还有相当数量的铁器，如铁锅、铁针、铁线、铁钉等，特别是铁锅更受这些西夷欢迎。
据海关总署的奏报：“夷船，所买铁锅，少者自一百连至二、 三百连不等，多者买至五百连并有一千连者。 其不买铁锅之船，才不过一、二。查得铁锅一 连，大者二个，小者四、五、六个不等。每连重二十斤。若带至千连，则重二万斤。”
铁器的出口量大增是一个值得重视的问题，朱载坖认为，一方面要重新修订抽分之法，另一方面朝廷的官营工场也要参与市场竞争，铁锅这种东西，有什么技术可言，遵化铁厂现在每年产铁已经达四千万斤，要生产一些铁锅卖给外夷并非难事，用这些从海贸赚取的利润，为大明官军生产军器。
同时朱载坖指令马芳、李成梁、俞大猷、戚继光、汪道昆、严世蕃等人，查照大明现在装备的各种军器，将重复的剔除，同时加以改进，定型并且确定验收的标准，实行标准化生产，同时减少品类以保证军器的质量。
将天下各卫所的军匠举家迁往京师，都归入军器监管理，从内帑拨银二十万，作为这些军匠们路费，同时免除卫所制造军器的职责，日后军器，由朝廷统一制造，统一调拨。